伊犁将军
清代管理新疆地区的最高长官。1762年设置,全称总统伊犁等处将军,为全区最高军政长官,驻扎伊犁城。下设乌鲁木齐都统1人,伊犁、塔城、喀什噶尔各设参赞大臣1人,哈密、吐鲁番、镇西等12城各设办事大臣或领队大臣1人。伊犁将军具有很大的权力:统率新疆各地的军队,节制地方官吏,督办新疆屯田事务,管辖驻牧在新疆地区的准噶尔部八旗十二佐领,和硕特部四旗及1771年来归的土尔扈特部四路的一切军民事务。伊犁将军多由清朝满族权贵或亲信大臣担任。作为统一国家的封疆大吏,它的设置,对抗击外国侵略、保卫祖国边疆起到一定积极作用。
理藩院
清廷中掌管边疆少数民族事务的机关。最初为蒙古衙门,仅管蒙古事务,1638年改为理藩院,扩大到管理新疆、青海、西藏、四川等地区少数民族事务。所属有旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六司。编制与六部同等,正副长官亦称尚书、侍郎。不同的是,该院官吏全由满族、蒙古贵族充任,汉人不得参与。光绪三十二年(1906年)改名理藩部,辛亥革命后废除。