伊犁将军
清代管理新疆地区的最高长官。1762年设置，全称总统伊犁等处将军，为全区最高军政长官，驻扎伊犁城。下设乌鲁木齐都统1人，伊犁、塔城、喀什噶尔各设参赞大臣1人，哈密、吐鲁番、镇西等12城各设办事大臣或领队大臣1人。伊犁将军具有很大的权力：统率新疆各地的军队，节制地方官吏，督办新疆屯田事务，管辖驻牧在新疆地区的准噶尔部八旗十二佐领，和硕特部四旗及1771年来归的土尔扈特部四路的一切军民事务。伊犁将军多由清朝满族权贵或亲信大臣担任。作为统一国家的封疆大吏，它的设置，对抗击外国侵略、保卫祖国边疆起到一定积极作用。
理藩院
清廷中掌管边疆少数民族事务的机关。最初为蒙古衙门，仅管蒙古事务，1638年改为理藩院，扩大到管理新疆、青海、西藏、四川等地区少数民族事务。所属有旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六司。编制与六部同等，正副长官亦称尚书、侍郎。不同的是，该院官吏全由满族、蒙古贵族充任，汉人不得参与。光绪三十二年（1906年）改名理藩部，辛亥革命后废除。