如果朱厚熜泉下有知，看到自己的儿子和信任的内阁首辅如此作为，鼻子恐怕都要气歪了。隆庆皇帝这样做，有利于抚慰人们心里的创伤，减少天子与文官集团的对立，缓和统治阶层的内部矛盾，使文官们更加支持自己、认同自己。像害死沈炼的宣大总督杨顺、严嵩的党羽鄢懋卿、用童男童女尿换来尚书之职的顾可学等，都受到了惩罚。一朝天子一朝臣，帮助嘉靖皇帝修仙、排除异己的人都被处理了。
第二项内容是整顿道教活动。朱厚熜爱好修仙，邵元节、陶仲文、段朝用、龚可佩这些人就去迎合，用所谓的神仙之术把皇帝骗得团团转。所谓的长生不老、仙术都是假的，道长们没有一个长生不老，尽管个别几位的确会养生，活到了八十多岁，可距离万万岁还有九千九百多年呢！给人的感觉，就像烧烤店里贴的“本店距离百年老店还差九十九年”。邵元节去世时，嘉靖皇帝正在南巡，他流下了眼泪，要求礼部为邵道长拟定谥号。第一次拟定为“荣靖”，朱厚熜不满意，要求重来，礼官又写了个“文康”，嘉靖皇帝还不满意，把四个字放在一起，叫“文康荣靖”。隆庆初年，朝廷宣布将谥号收回。陶仲文死在嘉靖三十九年（公元1560年），离隆庆初年不过六七年，他的谥号“荣康惠肃”也被剥夺。像靡费国库、毫无意义的斋蘸活动，也被新政府果断叫停。在嘉靖时期，这可是皇帝的最爱。京师、各省修建的风坛、云坛、雨坛等道家建筑，也全部都要拆毁。当年兴致勃勃地建造，现在又义无反顾地拆掉，不知道的还以为是在刷GDP（国内生产总值）。全天下不是很有必要的土木工程也要停一停，纵观隆庆年间，上马大型项目的频率的确低于以前。