明初废中书省，不设丞相，由皇帝直接处理国政，指挥六部。皇帝专制一切，由翰林院等机关选调几个官员，加以殿阁大学士的名义备顾问，办文墨。成祖时，选派大学士入午门内的文渊阁办公，参与机务，称为“内阁”。不过他们官位并不高，权势也还小。仁宗以后，内阁专任批答奏章，草拟诏令，品级渐高，权力渐增，极易假借皇帝的专制威力行事，号为“辅臣”，实际权势竟比历代的宰相还大。
清初仍然设置内阁，有三殿（保和、文华、武英）、三阁（体仁、文渊、东阁）大学士，但国家大政的决策机构是由满族最高贵族组成的“议政王大臣会议”，内阁职权低落。到了雍正年间，又另设置军机处，由满汉大臣任军机大臣，其下为军机处行走、学习行走等。军机处设于内廷，秉承皇帝意旨处理军国要务、官员任免和重要奏章。发布命令时，直接用军机大臣名义发出，称为“廷寄”。各地奏章也由军机处直达皇帝，不再经由内阁，于是内阁只办例行公事，内阁大学士也变得有点类似位尊而不重要的“三公”了。军机大臣由于亲近皇帝，综揽一切，名实俱重，是中国历史上封建专制集权中央官制的最高发展。