第三个因素，就是山东的民教冲突非常激烈——天主教、基督教和无宗教信仰的中国人之间的冲突。西方宗教传到中国来，其实已经有相当长的历史了。唐朝时基督教就已经传入中国，后来蒙古人建立元朝，基督教的影响也很大。等到明朝晚期，利玛窦进入中国，基督教就算是正式在中国生根发芽了。而且传教士到中国、到远东来都有献身精神，他们不怕死、非常执着。
等到工业革命爆发，外国资本在1860年大量进入中国。等《马关条约》签订之后，来中国的传教士就更多了。各个国家的传教士在向中国传教的过程中，互相之间存在竞争关系，都在看谁发展得多。在这么一种无序的竞争下，就有一拨中国农村社会的地痞流氓，被吸纳进了教会，进而利用了宗教的豁免权。
山东这种民教冲突当中，宗教的豁免权体现在教会、教堂享有和中国的官府直接打交道的特权，教民如果和非教民发生冲突，教会出面来跟中国地方政府交涉。一般来讲，中国地方政府是偏袒他们、向着他们的。这样一来，山东的这个问题就更复杂化了。这是义和团起于山东的一个很重要因素。