百官入太极前殿，桓温派督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收缴皇帝玺绶。皇帝司马奕头戴平民的白帽，身穿单衣，步下西堂，乘牛车，出神虎门，群臣拜辞，无不唏嘘。侍御史、殿中监率兵一百人卫送司马奕到东海王府。桓温率领百官，带着乘舆法驾，到会稽王府迎接司马昱。司马昱在朝堂更换服装，头戴平顶帽巾，身穿单衣，面向东方，流涕拜受玺绶，当天，即皇帝位，改年号为咸安。桓温来到太极殿中堂，分兵屯卫。桓温有足疾，司马昱下诏，乘轿入殿。桓温事先写了一篇文章，准备陈述废立本意，皇帝和他一见面，便泣下数十行，桓温兢惧，竟然一句话也说不出来。
太宰、武陵王司马晞，好习武事，为桓温所忌惮，想要一并废黜他，事先告诉王彪之。王彪之说：“武陵王在皇亲中地位尊贵，又没有什么明显的罪过，不能仅仅因为猜嫌，就把他废黜。明公建立圣明，应当崇奖王室，与伊尹、周公同美，如此大事，应该更深入详细地考虑。”桓温说：“此事已经决定，你不要再说了！”十一月二十一日，桓温上表说：“司马晞聚集收纳一些轻浮剽悍的流氓，他的儿子司马综傲慢残忍；当年袁真叛逆，他们就有牵连。今日他猜疑恐惧，将要发动变乱。请求免去司马晞官职，以亲王身份回到藩国。”皇帝听从，同时免了司马晞的世子司马综、梁王司马?等人官职。桓温派魏郡太守毛安之率所领部队接管皇宫宿卫。毛安之，是毛虎生的弟弟。