面对国内外一片责难之声，以及图西族军人与胡图族人的武装冲突的扩大，特别是武装部队中反对政变的舆论增加，政变领导人开始退却。在政变的第三天，即10月23日，救国委员会主席恩盖泽在记者招待会上示意说，如果不对发动政变者追究责任，他们就打算把权力交还给文官政府。同日，武装部队参谋长让·比科马古在电台发表讲话，诡称他本人没有参与这次政变行动，而将责任推于少数闹事的军人，并强调武装部队支持民选政府。他在表示武装部队交出政权时说，必须对参与政变的人员实行大赦。
在政变领导人开始退却的情况下，在法国使馆避难的基尼吉总理和7名政府成员宣布开始重新行使政府职权，但在安全没有获得保证前拒绝离开法使馆。10月26日，基尼吉发表广播讲话，宣布解除宵禁，开放边境和布琼布拉机场。她坚决拒绝对政变分子实行大赦。随后，4名被指控参与杀害恩达达耶总统等人的高级军官被捕，政变的中坚力量伞兵部队也被解散，一些政变策划者逃往国外。