平安中叶之后，贵族与武士间的矛盾严重，佛教为保护寺产，征集武士为僧兵，于是佛教僧侣涉入了日本政治旋涡，奈良六宗衰微，末法思想产生[11]，但也因对末法的警觉，佛教开始出现新的宗派。首先出现的便是含净土思想的念佛往生派，以空也上人与惠心源信为代表[12]。因此奈良时代国家性、学术性的佛教，到了平安时代，便转变成民间化的佛教。
四、镰仓时代
平安末期经过惨烈内战后，由源赖朝于镰仓设置将军幕府，开展了镰仓幕府时代，亦拉开日本武家专政制度的序幕。在佛教方面，新兴宗派纷纷出现，奈良六宗亦有复兴之势，新旧佛教之间产生多元化的互动与影响。依发展时间先后约分三期。
第一期：1．法然（源空）提倡以称名念佛为主的净土宗[13]；2．荣西提倡兼融台、密、禅的临济宗[14]；3．慈圆中兴天台宗、贞庆中兴法相宗[15]。