在国民党从大陆败退过程中，许多士兵与部队溃散，还有一些流亡学生也逃到了台湾。这些流散士兵和逃亡学生要吃饭，只能选择投靠部队，而有些军官为了扩充实力，也都予以收留，甚至还诱惑其他部队的士兵来投靠自己。在蒋介石看来，这种混乱局面最容易被“匪谍”所利用而混入军队，所以他特意下令：“各军不得收容无保及身分（份）不明之兵员，并严禁勾结友军士兵补充，其主管应加严处，对于来历不明的士兵与学生要进行甄别与审查。”在这个甄别和审查的过程中，很多人都倒了大霉，有些找不到“保人”来证明自己身份的士兵与学生，都惨遭了不幸。
经过全岛范围内大规模的整肃，蒋介石在台湾建立起了严密的特务统治。但由于缺乏有效的约束机制，更没有必需与合理的司法程序，因而很多人都把这次整肃视为公报私仇的天赐良机，执行者为了升官发财，取悦蒋介石父子，于是便曲意捏造罪名，其捕风捉影的事情更是泛滥成灾。例如一位叫做童轩荪的倒霉蛋，家中收藏了一本翻译小说《汤姆索亚历险记》，因该书封面印有“马克吐温”的字样，所以情治人员便认为这马克吐温和马克思就是一家人，该书就是思想有问题，最终这位收藏者不仅因此而被捕，受其株连者也达数十人之多。