北京公立医院改革包含三条脉络：以法人治理、医药分开和人事分配制度改革为主的存量改革，以管办分开、引进社会资本和促进人才流动为主的增量改革，以及总额预付和按病种付费为主的支付制度改革。管办分开和法人治理的目的，一是要形成有利于多元办医的局面，二是要将市属公立医院改造成独立法人实体，与其他产权归属的公立医院和社会办医公平竞争。目前的管办分开和法人治理仍带有较多过渡性的色彩，在机构设置、职能划分、机制运行等方面存在一些问题。
作为管理体制改革的第二步，首医委成立后，管办分开的实施提上了日程。卫生部门身兼管理和举办职能，这是适应计划经济时期的需要。而现在要构建多元办医新格局，管办不分对其他产权归属的公立医院、对于社会办医就不很公平。北京设立医管局并隶属于卫生局，是出于平稳过渡和在实践中摸索治理规律的考虑。如果说管办分开是实现监管和举办分离的话，法人治理则是实现所有权与经营权的分离。实行法人治理的目的是确保医院运行更有效率，同时要防范经营者对所有者利益的背离，确保医院的公有属性。在法人治理改革中，试点医院逐步建立完善公立医院的决策机制、执行机制、监督机制、用人机制、激励约束机制，使现代医院管理制度框架初步建立。决策、执行、监督三权分工制衡机制有利于加快医院管理专业化、职业化进程。第三方评估报告指出，理事会与医管局的职责存在交叉，理事会的人权和事权较小，医管局的管理方式以直接管理为主，对医院运营参与较多，外部理事的作用有待发挥，参与决策的方式尚待完善。