然而，就当玉儿与多尔衮大婚之后，准备平静的过完余生之际，玉儿却发现，儿子福临看她的眼神越来越不对。
开始时，玉儿还以为这只是他一个小孩子单纯的想法，等过一段时间也就好了，可随着福临渐渐长大，他的脾气越来越暴躁。他不能忍受自己的母亲嫁给多尔衮，让他称多尔衮为“皇父”，福临觉得这对他是一种羞辱，由此他也恨他的母亲，他不明白，母后为什么要下嫁，她难道不知道他的儿子会因此而蒙羞吗？
后来福临亲政了，但他没有像他母亲希望的那样勤于政务，伤心与愤怒使得年少的福临经常以酒买醉，并沉迷于女色无法自拔。他有时喝醉酒会跑到慈宁宫对母亲咆哮：
“为什么，你为什么要嫁给多尔衮，难道皇儿对你不好吗？”
看着福临的样子，玉儿既心疼也伤心，不管她怎样规劝，福临就是听不进去。玉儿难受极了，她所做的一切都是为了福临，可到头来儿子不但不理解她，反而怨恨她，她怎能不伤心呢？
权力斗争刚告一段落，玉儿又陷入家庭矛盾的旋涡。
当初，福临继位不久，在玉儿与多尔衮主持下，玉儿就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后，福临亲政后，就大礼成婚，居中宫之位。
但福临却把对母亲和叔父的怨气全部撒在了这位皇后身上，虽然皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但福临却对她不理不睬，最后竟要坚决废后另立。尽管大臣们屡次谏阻，福临仍然坚持己见，毫不退让。