管理学生指导思想上的分歧。陈兰彬等人虽然参与主持留学生工作，但其内心“视中国学生之留学外洋，素目为离经叛道之举”。[14]因此，他们管理留学生的宗旨是约束言行，防范不轨，因而对留学生的言行做了种种限制：不许随房东作祈祷，不许假日赴教堂观光，不许改穿洋装，甚至对平日的游戏、运动也要进行苛求。对此，容闳并不以为然。他认为，入乡随俗，人之常情，一些人受到外洋习俗的影响是很自然的事，“不足为学生责也”。领队官员不应该在这些枝节问题上吹毛求疵，过多指责。每当学生与陈兰彬等人的苛求发生冲突时，容闳往往替学生辩解说情，结果陈兰彬埋怨容闳偏袒学生，两人之间的意见分歧更加严重。
对学生学习内容的分歧。为了使留学生不忘君亲大义，不为“异学”所惑，清政府规定留美学生要“肄习西学仍兼讲中学”，并规定，“每遇房、虚、昴、星等日，正副二委员传集各童宣讲圣谕广训，示以尊君亲上之义”。[15]陈、吴以此为据，大加发挥，增加诵读儒经的时间和内容，对容闳安排的教育计划，包括学生的业务学习内容“处处吹毛求疵，苛求其短”[16]，并且中伤容闳“偏重西学，致幼童中学荒疏”[17]。容闳则反对陈、吴增加过多的中学内容，认为幼童赴美应该“学成种种专门学术，毕业归来，能为祖国尽力”[18]。他所说的专门学术，是指各种自然科学和技术知识。