民国初建，政府即改理藩院为蒙藏事务局，两年后，又改为蒙藏院，与各部同等，下设民治、宗教、翻译、边卫等科；同时，教育部也特设蒙藏教育司，专管少数民族地区的政治、经济和文教事物。1913年经蒙藏事物局批准，将清代咸安宫三学及理藩院蒙古学校合并为蒙藏专门学校，成为民国第一所专门招收蒙藏少数民族学生的国立官费学校。国民党掌权后，将蒙藏院改为蒙藏委员会，蒙藏专门学校也继续开办，对少数民族地区的管理和文化教育事业，至少表面上还是较为重视的。1928年，国民政府大学院在南京召开第一次全国教育会议，通过教育实施原则，其中第7条就表示，要注重满、蒙、苗、回、藏、瑶等教育的发展。抗战爆发后，由于客观环境的变化和形势的需要，其重视程度又有所加强，这对缩小民族之间文化的差距是有益的。
但必须指出，国民党后来对孙中山确立的“民族平等”原则，存在着严重的背离倾向。
1943年，蒋介石在《中国之命运》一书中竟不承认汉族以外的少数民族为民族，而称之为“同一血统的大小宗支”，即“宗族”。声称“中华民族是多数宗族综合而成的”。因此，他们推行一种以“化一风同”为目的的民族同化政策。不尊重少数民族的宗教信仰，风俗习惯和语言文字等方面的文化传统，这种大汉族主义倾向，曾对少数民族的民族感情造成过极大的伤害。